Description du projet
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- Titre du projet : Defining circulating tumor DNA signatures in urine samples to improve prostate cancer screening and early stratification
- Année de sélection : 2023
- Institutions : Universiteit Gent
- Montant octroyé : 368 081 €
- Durée du financement : 4 ans
L’antigène prostatique spécifique (PSA) est un biomarqueur largement utilisé dans le dépistage du cancer de la prostate (« PCa »). Cependant, le risque de surdiagnostic est imminent et la valeur ajoutée en termes de mortalité spécifique au cancer de la prostate est très limitée. En outre, les patients soumis à des biopsies basées sur des résultats PSA faussement positifs souffrent souvent de saignements rectaux et d’infections inutiles. Par conséquent, de nouveaux biomarqueurs permettant de différencier les hommes susceptibles de développer une maladie agressive plutôt que de suggérer la présence d’un PCa sont nécessaires. Dans ce projet, nous développons une nouvelle stratégie de dépistage dans laquelle les patients, diagnostiqués avec des niveaux élevés de PSA, sont dépistés pour des aberrations génétiques dans leur fraction d’ADN libre de cellules (cfDNA) urinaire. Pour établir cette stratégie, nous utilisons l’ADN germinal (ADNg) et l’ADNcf urinaire collectés au cours de l’essai Prostate-Biomarker (ProBio). Tout d’abord, nous appliquons le séquençage nanopore à lecture longue ciblée pour définir l’haplotype du patient au niveau de l’ADNg. Les informations à lecture longue permettent d’évaluer directement si des variantes se produisent sur le même allèle et sont utilisées pour évaluer l’hématopoïèse clonale à potentiel indéterminé. Ensuite, la fraction d’ADNcf urinaire du patient est étudiée pour détecter les altérations des haplotypes identifiés à l’aide d’un séquençage AVITI très précis. Les altérations de l’ADNcf urinaire validées pour être associées à un PCa cliniquement significatif serviront de signatures de dépistage spécifiques pour les nouvelles plateformes de test.
